Компьютерное зрение против рутины: как мы ускорили анализ поведения лабораторных мышей
Наверняка вы слышали, что большинство биомедицинских исследований в мире проводится на лабораторных грызунах. Это неслучайно: ДНК мыши и человека совпадают на 97,5%, у нас около 30 000 общих генов. Именно мыши помогают находить лекарства от рака, исследовать болезнь Альцгеймера и, как в нашем случае, изучать механизмы стресса и агрессии.Учёные из Института цитологии и генетики (ИЦиГ) СО РАН в новосибирском Академгородке ведут масштабное исследование. Его цель — понять связь между хроническим стрессом, иммунитетом и патологической агрессией. Но есть проблема: чтобы оценить результаты экспериментов, нужно отсмотреть сотни часов видеозаписей поведения животных.Ручная обработка таких данных — долгий и кропотливый труд. На разметку 10 минут видео у научного сотрудника уходит около часа напряжённой работы: нужно сидеть с секундомером, ставить видео на паузу и фиксировать каждое действие мыши в таблицу.Совместными усилиями команд Центра технологий для общества Yandex Cloud и Yandex Crowd Solutions мы решили помочь автоматизировать этот процесс. В результате нам удалось сэкономить учёным более 500 часов рутинной работы, освободив это время для настоящей науки. В статье расскажем, как объединили облачные технологии, краудсорсинг и энтузиазм, чтобы решить неочевидную, но критически важную проблему фундаментальной науки: собрали команду из студентов и экспертов, организовали разметку специфических данных, внедрили open‑source‑модель компьютерного зрения DeepLabCut и докрутили её собственными ML‑эвристиками. Читать далее